Napuštanjem Staroga Raklja g. 1342. dva kilometra dalje razvio se današnji Rakalj ili »Castrum Novum« iznad Raškoga zaljeva s novom župnom crkvom sv. Agneze, kojoj je g. 1448. izmijenjen naslov u Rođenja Blažene Djevice Marije. Prethodna je župna crkva sv. Agneze sa spomenom od g. 1190., 1312. i 1555. izgrađena u Starom Raklju na uzvisini od 93 m iznad rta Sv. Nikola u kaštelu, od kojega su danas ostali dijelovi zidina i nekih objekata.
Na temeljima prve bogomolje iz g. 1190. u sklopu postojećega kaštela nanovo je izgrađena g. 1495. crkva sv. Agneze, koja je g. 1967. uređena u današnjem obliku. Na pročelju joj je jednostruka preslica bez zvona, gotički ulaz šiljastoga završetka, dva četvrtasta bočna prozora, a iznad ulaza ugrađena reljefna ploča s grbom, malim okulusom u kojem je stilizirana golubica i upisana 1495., godina gradnje. Bočni su joj zidovi bez prozora, a završava upisanom plitkom apsidom. Krovište je prekriveno škriljama, a u unutrašnjosti je ravan strop. Na unutrašnjim su zidovima postavljene slike križnoga puta, a u svetištu noviji kip sv. Agneze s janjetom u ruci. Prvobitni je kip svetice bio uništen, kao i zidne freske i glagoljski grafiti.
Rakalj se u 15. st. nalazio u sklopu Pazinske grofovije sa spomenom u njihovu urbaru iz g. 1498. Mletački rakaljski urbar napisan je g. 1536. nakon slobodnoga podvrgavanja grada mletačkoj upravi g. 1516. Crkveni povjesničar, teolog i porečko-pulski biskup dr. Dragutin Nežić (1908. – 1995.) napisao je u knjizi »Iz Istarske crkvene povijesti« da je g. 1635. mirovnim sporazumom između Austrije i Venecije Rakalj pripao Mlečanima, koji su ga prodali zajedno s Barbanom mletačkoj obitelji Loredana de Santo Stefano. U njihovoj je vlasti do pada Venecije (Mletačke Republike ili »Repubblica di San Marco«) g. 1797.
Objava SVETA AGNEZA U STAROM RAKLJU Kip, freske i glagoljica uništeni, a crkva i dalje stoji pojavila se prvi puta na Glas Koncila.
